Параллельный протокол очень громоздкий, а вот последовательный - нетпоследовательный протокол
У ISP есть одно существенное преимущество - он из коробки поддерживается AVR и ему не нужно дополнительное место в памяти.
Как вариант, кроме оптического линка можно было бы подумать над использованием выносных кнопочек или линий от них. При острой необходимости, их вполне можно было бы препарировать а потом назад закрыть термоусадкой с клеем.