В десктоп-части не силен, больше по веб.
По поводу персистентности, посмотри в сторону
JPA. Из книг могу посоветовать Beginning Java EE 6 with GlassFish 3 выпуска Appress. Хоть она и касается в бОльшей своей части веб-девелопмента, но практически все приемы можно применить и в десктоп-приложениях. Если, конечно, оно того стоит, ибо определенные мучения с конфигурацией придется поиметь.
Голый JDBC обычно пугает, да

Но и его приготовить можно(а часто - нужно).
Тонна примеров на все случаи жизни есть
здесь. Воспринимать их как догму не советую, многие из них откровенно глупо написаны и/или устарели, но подсмотреть детали реализации вполне можно.