Пользуюсь всегда такими сервисами:
Сначала иду на
http://skyscanner.com и открываю тамошнюю карту. На этой карте сразу можно посмотреть из каких аэропортов и в какие есть дешевые билеты. Т.е. Жмешь на Киев и видишь зеленые точки городов - туда лететь дешево. Можно пользоваться наоборот. Например, нужно добраться до, скажем, Мадрида. Жмем на Мадрид и смотрим, куда есть дешевые рейсы, а потом думаем, как добраться в перевалочный аэропорт.
После Skyscanner'a перехожу на
http://matrix2.itasoftware.com/ - это какая-то очень хитрая система поиска рейсов с большим количеством настроек, но бронирование через неё невозможно. Ищем тут рейс и выбираем лучший.
После чего идем на сайт любимого бронировкщика или в тур агентство и выкупаем там билет по данным, полученным на предыдущем сайте.
Как вариант такие:
http://www.anywayanyday.com/
http://cheaptickets.com
Ах, да, вот еще сайт, который просчитывает стыковки и маршруты только low-cost'ами:
http://www.flylowcostairlines.org/